Военная подготовка студентов в вузе организована с 1944 года.
Постановлением Совета народных комиссаров СССР № 413
от 13 апреля 1944 года «О военной подготовке студентов высших учебных заведений» было утверждено Положение о военной подготовке студентов высших учебных заведений. Народному комиссариату обороны СССР было предписано укомплектовать к 1 июля 1944 года должности начальников кафедр, начальников учебных частей и преподавателей военных кафедр высших учебных заведений лицами из числа офицеров и генералов.
Целями военной подготовки студентов высших учебных заведений были определены:
а) воспитание студенческой молодежи в духе беззаветной любви к Родине и преданности Советской власти;
б) подготовка дисциплинированного, физически крепкого и выносливого, овладевшего военным делом офицерского и сержантского состава запаса Красной Армии;
в) подготовка студентов, признанных не годными к строевой службе, а также студенток для несения тыловой и вспомогательной технической службы в Красной Армии.
На основании указанного нормативного акта СНК СССР, а также приказа НКО СССР от 30 мая 1944 года №75 в Московском государственном стоматологическом институте была создана кафедра военно-медицинской подготовки.
Начальником военной кафедры был назначен генерал-майор м/с Волынкин Ювеналий Михайлович (1907–1998 г.г.), участник Великой Отечественной и Советско-финской войн.
В первые годы своей работы кафедра располагалась на ул.Каляевской, 18 в главном здании института, занимало 1 комнату в подвальном помещении. Занятия по общевойсковой подготовке, по организации и тактике медицинской службы и санитарно-химической защите проводились в корпусе на ул.Соколиной Горы. В последующем количество учебных помещений увеличилось.
С 1968 г. основная база военной кафедры размещается на 1-м этаже здания на Делегатской, 20, кроме токсикологической лаборатории, оборудованной в помещении на Соколиной Горе, д.15а.
С 1973г. вся кафедра размещается на базе ул. Делегатская, 20, на 4-м этаже. Были оборудованы классы в соответствии с направлениями профессиональной подготовки.
С 1981 г. на кафедре организовано проведение занятий по военно-медицинскому усовершенствованию курсантов факультета усовершенствования врачей института.
В 1992 году решением Ученого Совета института военная кафедра (первая в стране) переименовывается в кафедру военной и экстремальной медицины ММСИ. Занятия на кафедре начинают проводиться по учебным программам, в которых значительное место уделяется вопросам организации медицинской помощи населению в чрезвычайных ситуациях мирного и военного времени.
В разные годы военную кафедру возглавляли полковники медицинской службы Ю.В.Аксельрод (1947–1949), Д.В.Прохоров (1949–1969), В.Д.Алдушин (1969–1970), Г.Е.Харламов (1970–1973), З.И.Хата (1973–1987), Ю.И.Ченцов (1988–1995), А.И.Аникеев (1995–2006), А.А.Останин (2006–2008).
Кафедра военной и экстремальной медицины МГМСУ была ликвидирована в 2008г. и на ее базе был создан учебный военный центр (Распоряжение Правительства Российской Федерации от 06.03.2008г. № 275-р «Об учебных военных центрах, факультетах военного обучения и военных кафедрах при федеральных государственных образовательных учреждениях высшего профессионального образования»).
В 2014 году большая часть учебных помещений учебного военного центра была переведена на базу по ул. Вучетича 10А.
Подготовка офицерских кадров для прохождения военной службы по контракту в университете проводится с 2007 года.
Первый выпуск офицеров, подготовленных в учебном военном центре, состоялся в 2013 году, последующие – в 2014, 2015, 2018 и 2019 г.г. За эти годы на военную службу по контракту поступили десятки выпускников УВЦ при МГМСУ им. А.И.Евдокимова.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 13.03.2019 г. № 427-р в Московском государственном медико-стоматологическом университете имени А.И. Евдокимова создан военный учебный центр. В соответствии с действующей нормативно-правовой базой в МГМСУ им.А.И.Евдокимова с 2019 года возобновляется реализация программ военной подготовки офицеров запаса.